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覆盖 TBtools/TBtools-II、GSAman、HiMT、sRNAminer、SynGAP、SVGAP、SuperDecode、EasyCodeML。每个条目给出定位、代表功能、典型场景，以及论文与下载链接

目录

• TBtools / TBtools-II
• GSAman
• sRNAminer
• SynGAP
• SVGAP
• SuperDecode
• EasyCodeML

TBtools / TBtools-II

定位：面向生物学家的“一站式”本地可视化分析平台；TBtools-II 以插件化平台形态扩展。代表功能：序列/注释批处理、同源/共线性、GO/KEGG、基因结构与共线性可视化、发表级作图、命令行批处理、插件商店。典型场景：多组学日常整合、无代码快速作图、教学与培训。

论文

• 2020 TBtools（Molecular Plant）https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32585190https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052%2820%2930187-8
• 2023 TBtools-II（Molecular Plant）https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37740491https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052%2823%2900281-2

下载/说明

• GitHub 仓库：https://github.com/CJ-Chen/TBtools-II
• Releases：https://github.com/CJ-Chen/TBtools-II/releases
• 小飞机网盘（推荐下载链接！）：

https://share.feijipan.com/s/OZATmCJU

GSAman

定位：基于 IGV 的基因结构注释人工精修与证据整合工具（IGV-GSAman 扩展）。代表功能：叠加 RNA-seq/同源蛋白证据，逐基因修正外显子边界、拼接型、缺失/融合；输出示例图。典型场景：高质量组装后的注释补全/校准；关键位点人工核验。

参考/使用报道

• 方法综述中对 IGV-GSAman 的说明与链接：https://www.maxapress.com/article/id/67e36fa6fa6c5866a7a3e810
• 小飞机网盘（推荐下载链接！）：

https://share.feijipan.com/s/azYe3b75

• 微信：CJ-Chen-0410，进内测群

HiMT

定位：面向植物叶绿体/线粒体基因组的 HiFi 读长一键组装工具箱，从原始 PacBio HiFi 文库自动筛选细胞器 reads、完成组装并生成可交互质控报告；支持多平台（Linux / macOS / Windows），面向非商业用户免费。

代表功能：

• 自动估算读长覆盖深度，基于高频 k-mer 前缀自动筛选线粒体/叶绿体 reads，显著降低计算量，可在普通笔记本上运行。
• 内置对接 Flye 等长读长组装器，支持环状或图结构组装流程，自动生成线粒体/叶绿体组装结果及注释概览。
• 图形界面（GUI）+ 交互式 HTML 报告：包含 GC 含量、深度分布、保守基因相似性热图、contig 统计等多维质控视图，便于快速判读组装完整性与纯度。

典型场景：

• 植物线粒体/叶绿体基因组首次组装
  ：从 HiFi WGS 数据直接一键获得细胞器完整基因组，适合“一个物种一条 mito/plasto”的项目或毕业课题。
• 群体或多物种细胞器比较基因组学
  ：批量处理多材料的 mito / plastome 组装，为后续结构变异比对、共线性与系统发育分析提供高质量参考。
• 组装流程教学与方法学评测
  ：与 GetOrganelle、Oatk、PMAT 等工具对比，用于示范不同 organelle 组装策略在复杂植物线粒体基因组上的性能差异。

论文

• 2025 Plant Communications（HiMT 原始论文）
  Tang et al. “HiMT: An integrative toolkit for assembling organelle genomes using HiFi reads.” Plant Communications 6(9):101467, 2025.

• PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40739759PubMed
• 期刊页（含 PDF 链接）：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590346225002299科学直接

下载 / 说明，可以通过conda直接安装，详见手册

• GitHub 仓库（主程序，非商业用户免费）：https://github.com/tang-shuyuan/HiMT
• 示例数据与补充文件：https://github.com/tang-shuyuan/data-for-HiMT
• 中文新闻解读（便于对外介绍工具亮点，可选）：https://www.sohu.com/a/919513070_121124027

sRNAminer

定位：植物小 RNA 数据本地一体化工具箱（miRNA / phasiRNA / hc-siRNA 等）。代表功能：清洗、比对、注释、表达与差异、PHAS/miRNA 高置信集合评估、批处理与图形化输出。典型场景：小 RNA 专题研究的端到端分析与组内共用流程。

论文

• Science Bulletin, 2024：
  https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S2095927323009350

下载

• GitHub：https://github.com/kli28/sRNAminer

SynGAP

定位：基于共线性（synteny）的基因结构注释抛光工具；支持近缘多物种协同修复与注释一致性提升。代表功能：dual/master/triple/custom 共线性驱动修复；genepair/evi 差异表达对照辅助。典型场景：跨物种比较基因组前的注释质量统一与补齐。

论文

• Genome Biology
  , 2024（期刊页）：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-024-03359-8
• PubMed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39138517

下载

• GitHub：https://github.com/yanyew/SynGAP
• Bioconda（配方）：https://github.com/yanyew/syngap\_bioconda

SVGAP

定位：高质量组装驱动的结构变异（SV）发现、群体分型与注释流水线，适配大样本与植物复杂基因组。代表功能：参考比对式 SV 发现、跨样本去冗/合并、回溯再分型、群体级全分型 VCF 产出。典型场景：物种/群体层面的 SV 编目、分型与关联分析；泛基因组结构变异研究。

论文

• Molecular Biology and Evolution
  , 2025（期刊页）：https://academic.oup.com/mbe/article/42/8/msaf180/8215586
• PubMed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39975360
• PMC（开放获取）：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11839052

下载

• GitHub：https://github.com/yiliao1022/SVGAP

SuperDecode

定位：基因编辑突变结果解析一体化工具，兼容 Sanger / NGS / TGS 三类测序策略与复杂混合型突变。代表功能：DSDecodeMS、HiDecode、LaDecode 三模块；条形码批量样本；可发表图表导出。典型场景：CRISPR/Cas、碱基编辑等结果的判读、定量与批量报告。

论文

• Molecular Plant
  , 2025：https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052%2825%2900092-9PDF：https://www.cell.com/molecular-plant/pdf/S1674-2052%2825%2900092-9.pdf

下载

• GitHub：https://github.com/xiexr/SuperDecode
• 文档页：https://www.crispr-ge.com/superdecode

EasyCodeML

定位：PAML/CodeML 的可视化前端，简化分支/分支-位点/谱系模型等阳性选择分析。代表功能：交互式树标注、参数向导、单击式流程、自动汇总表格导出；跨 Windows/Mac/Linux。典型场景：物种/基因家族适应性进化分析、课程教学演示。

论文

• Ecology and Evolution
  , 2019（期刊页）：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ece3.5015
• PubMed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31015974

下载

• GitHub：https://github.com/BioEasy/EasyCodeML

快速选型（组合建议）

• “快速上手 + 发表级作图”
  ：TBtools-II 为工作台；小 RNA 专题配 sRNAminer；关键位点人工核验用 GSAman。
• “注释质量统一 → 比较/泛基因组”
  ：先用 SynGAP 跨物种抛光注释，再以 SVGAP 做群体级 SV 编目与分型。
• “编辑结果解读”
  ：SuperDecode 处理 amplicon/TGS/NGS 批量数据，快速导出可复用图表。 
• “分子进化/阳性选择”
  ：EasyCodeML 友好封装 CodeML，适合教学与常规分析。