前言说明:使用Aspera软件下载数据,在Linux服务器测试,数据类型为扩增子数据。
conda没下载的看之前的推文,自己也可以手动下载Aspera软件,本文就不测试手动下载了。miniconda3的下载与安装
想下载NCBI的数据,你可以看之前的推文,使用SRA Toolkit下载NCBI公共数据
本文测试的是一键批量下载,一共两步。第一步Aspera下载软件;第二步寻找数据、下载密钥,一键批量下载数据。
第一步:借助conda软件下载Aspera软件
# 创建名为aspera的环境,
conda create -n aspera python=3.8 -y# 激活环境
conda activate aspera# 开始下载Aspera软件
conda install hcc::aspera-cli -y# 测试是否安装完成,弹出帮助信息就可以使用了
ascp -h第二步:寻找数据、下载密钥,一键批量下载数据
打开国家生物信息中心网站,输入你在文章中看到的CRA编号,例如CRA000634;或者PRJCA号,例如PRJCA000659。最主要的是有CRA编号。
国家生物信息中心网站 https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/


## 上图说明:你要是想要手动下载,它也提供了HTTP和FTP下载链接,就在上图。
# 下面图片是下载密钥(使用服务器下载是需要这个文件的)

文件名称:aspera01.openssh
把这个文件上传到服务器里,记住存放这个文件的绝对地址。

# 一键批量下载数据命令(最重要的一条命令)
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l 100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA000634 /home/mole03/data#参数解释-i 密钥文件-QT -l 100m -k1 #这个不用改-d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA000634 ##图片中会给你这个文件地址,你要想下载其它的,更改一下 CRA 号就可以了/home/mole03/data # 你要把数据下载的位置

